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一般自然条件下游离的花青素极少见，常与一个或多个葡萄糖、鼠李糖、半乳糖、木糖、阿拉伯糖等通过糖苷键形成花色苷，花色素中的糖苷基和羟基还可以与一个或几个分子的香豆酸、阿魏酸、咖啡酸、对羟基苯甲酸等芳香酸和脂肪酸通过酯键形成酸基化的花色素。
花青素分子中存在高度分子共扼体系，含有酸性与碱性基团，易溶于水、甲醇、乙醇、稀碱与稀酸等极性溶剂中。在紫外与可见光区域均具较强吸收，紫外区大吸收波长在280 nm 附近，可见光区域大吸收波长在500 ～ 550 nm 范围内。花青素类物质的颜色随pH 值变化而变化，pH 7 呈红色，pH= 7 ～ 8 时呈紫色，pH > 11 时呈蓝色。
早丰富的花青素是从红葡萄渣中提取的葡萄皮红色素, 它于1879年在意大利上市, 该色素可通过葡萄酒酒厂的废料-葡萄渣提取。接骨木浆果( Elderberries)中含大量的花青素, 并且都是矢车菊素, 每百克鲜重在200 ~1000 mg。另外, 花青素在大麦、高粱、豆科植物等粮食作物中也广泛存在。研究发现, 葡萄籽与松树皮的提取物中花青素的含量高。
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